ある遺伝子のホモログを知りたいときは、 NCBI の HomoloGene データベースが利用できます。
検索方法
遺伝子名などを入力して、”Search” をクリックすると、入力した遺伝子のホモログの一覧が表示されます。
IDの種類の指定
遺伝子名を入力するときは、遺伝子名の後に [Gene Name] など、その入力した ID の種類を入力するようにします。もし、 EntrezGeneID を指定して検索するのであれば、 4193[Gene Id] とします。
利用できる ID は、下記のようなものがあります。
- [Ancestor]
- [Gene Description]
- [Gene Id]: EntrezGeneID のことです。
- [Gene Name]: NCBI公式の GeneSymbol または、そのエイリアス(シノニム)。
- [Nucleotide Accession]
- [Nucleotide GI]
- [Organism]
- [Protein Accession]
- [Protein GI]
- [Text Word]
- [Title]
- [UniGene ID]
複数の遺伝子のホモログを一度に取得するには?
HomoloGene では、基本的に遺伝子1個ずつしか問い合わせることができません。複数の遺伝子を含むリストがあって、それらのホモログをまとめて知りたいときは、理研の Homologene Matcher を利用するとよいでしょう。
利用できるIDの種類は、下記の4種類です。
- Gene symbol: NCBI 公式の GeneSymbol
- Gene ID: Entrez Gene ID
- RefSeq (peptide)
- RefSeq (nucleotide)